A döntőre Bernben, a Wankdorfstadionban került sor és az ellenfél a csoportkörben korábban már legyőzött NSZK gárdája volt. A csapat szakvezetője, Sebes Gusztáv a döntő előtt némileg felforgatta a csatársort. Bár ennek oka máig nem tisztázódott, szerepet játszhatott benne, hogy az előző két mérkőzést kihagyó Puskás ismét játékra jelentkezett. Puskás beállítása is vitatéma a mai napig a szakemberek és a szurkolók körében, mivel többen is azon a véleményen vannak, hogy a legendás balösszekötő a mérkőzés előtt még nem volt teljesen egészséges.
A magyar csapat összeállítása a következő volt: Grosics-Buzánszky, Lóránt, Lantos-Bozsik, Zakariás-Czibor, Kocsis, Hidegkuti, Puskás, Tóth M. Az eredetileg balszélső Czibor átkerült a csapatból kiszorult Budai II helyére a jobbszélre, az ő helyén kezdett Tóth. A német szövetségi kapitány, Sepp Herberger hat helyen változtatta meg csapatát a 8-3-as meccshez képest. Ezt a lépést azóta is Herberger cselének emlegetik (arra hivatkozva, hogy azon a mérkőzésen "pihentette" a sztárjait, mert így elkerülték a brazil csapatot).
Bár a mérkőzés előtt esett az eső, a döntő mégis jól kezdődött a magyarok számára. Az esőtől felázott, mély talajon Puskás és Czibor korai góljával 8 perc alatt elhúztak 2–0-ra. A 19. percben mégis 2–2 állt az eredményjelzőn, Rahn és Morlock kiegyenlítették a mérkőzést. Ez maradt az állás a szünet után is, egészen a 84. percig, amikor Rahn csípett el egy átadást, majd a labdát a csúszós talajon a kissé késve elvetődő Grosics mellett a kapu jobb oldalába rúgta, így lett 3–2. Néhány perccel később ugyan Puskás lőtt egy gólt, ám azt Ling játékvezető les miatt nem adta meg (ez a döntése is viták tárgya mindmáig). A végeredmény 3–2 lett a nyugatnémetek javára.
Magyarország csapata lett az első olyan válogatott, amely két világbajnoki döntőt is elvesztett.
Az Aranycsapat 27 gólt szerzett a világbajnokság során, ami a mai napig rekord.
Szintén a világbajnoki döntők mai napig élő rekordjai közé tartozik, hogy az NSZK csapata kétgólos hátrányból fordította meg a mérkőzést.
A vereség után – a kommunista hatalomátvétel óta először – spontán tüntetés kezdődött Budapesten, a dühös szurkolók kirakatokat törtek be. A három napon keresztül tartó zavargásokat az ÁVH végül elfojtotta.[2][3]
A győzelem visszaadta a németeknek a második világháború miatt elvesztett önbecsülésüket. [4]
A berni csoda igaz története (németülDas Wunder von Bern – Die wahre Geschichte) címmel 2004-ben Németországban dokumentumfilm készült a mérkőzésről.[5] Ezután kiderült, hogy a nyugatnémet csapat több tagja is – akkor még legálisan – metamfetamint kapott a döntő előtt.[6]
A döntőt követően az angol játékvezető, William Ling több döntését is kritika érte.
Németország második góljánál Grosics a levegőben próbálta tisztázni Fritz Walter szögletét, de a hatoson belül összeütközött Schäferrel. Ennek következtében a labda Rahnhoz került, aki értékesítette. Ha Ling szabálytalanságot fújt volna Grosics ellen, a gól érvénytelen lett volna.[7]
Magyarország harmadik gólját les miatt érvenytelenítette a játékvezető. A nézők beszámolói eltérnek abban a kérdésben, hogy Puskás leshelyzetben volt-e. A hivatalos televíziós felvételek nem egyértelműek, mivel nem mutatják Puskás helyzetét a labda átadásának pillanatában. A magyar játékosok azt állították, hogy Ling először meg akarta adni a gólt, de a walesi vonalbíróval, Benjamin Griffiths-szel való beszélgetés után végülis lest ítélt.[8]
Közvetlenül a mérkőzés után olyan pletykák láttak napvilágot, hogy a német csapat teljesítményfokozó szereket használt. A csapat több tagja sárgaságban megbetegedett, feltehetően egy szennyezett tűtől. A csapat tagjai később azt állították, hogy glükózt adtak be nekik, Franz Loogen csapatorvos pedig 2004-ben azt mondta, hogy a játékosok csak C-vitamint kaptak a mérkőzés előtt.[9][10][11]
A Lipcsei Egyetem által 2010-ben végzett tanulmány egyik társszerzője feltételezte, hogy a német játékosok tudtukon kívül pervitint (metamfetamin) – a második világháborúban a katonáknak adott stimuláns – kaphattak.[8][6] 1954-ben azonban nem volt illegális a doppingolás, a FIFA csak 1966-ban vezette be a doppingellenőrzést.[12]