Tsukubamonas globosa
 | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Rendszertani besorolás | ||||||||||||||||||
| ||||||||||||||||||
| Tudományos név | ||||||||||||||||||
| Tsukubamonas globosa Yabuki et al. 2011 |
A Tsukubamonas globosa a Tsukubea Tsukubamonas nemzetségének egyetlen ismert faja.[1][2] Szabadon élő ostoros, melyet a Cukubai Egyetemben izoláltak egy tóból. Édesvízben él.[3]
Történet
[szerkesztés]2011-ben izolálták Yabuki et al. a Cukubai Egyetemben egy tóból.[1] 2019-ben Adl et al. az önálló Tsukubamonadida kládba sorolták.[4] Cavalier-Smith és Chao 2020-ban a Discicristata testvércsoportjaként írta le.[5]
Thomas Cavalier-Smith 2017-ben az Eozoa alországba helyezte,[3] 2022-ben pedig az ezen belül kialakított Eolouka törzsbe.[6]
Morfológia
[szerkesztés]Kerek kétostorú sejt kinetidánként 4 kinetoszómával.[4]
Magját endoplazmatikus retikulum veszi körül, mitokondriumaiban tubuláris cristák vannak. 2 ostoros és 2 ostor nélküli alapi teste, 3 fő mikrotubulus-gyökere, 4 fő rostja, 1 centroszómája, több belső mikrotubulusa van, nincs Golgi-készüléke,[1] sejten kívüli ostorhálója vagy diktioszómája.[4] Az R2 ágai közti[6] sejtszájjal eszi baktériumokból álló zsákmányát.[4]
Egy hátulsó ostorgyökere van, mely az R2 gyökér része, az R1 hiányáról és a sejt csúcsában lévő kinetidáról Cavalier-Smith feltételezte, hogy ősi jelleg.[3] Emellett elülső gyökere és A-rostja, szingulett rosttal asszociált rostja is van, B-rostja a hátulsó alapi testből ered, nincs összetett rostja, dorzális legyezője vagy az elülső és a hátulsó alapi test közti disztális rostja.[7]
Életmód
[szerkesztés]Aerob bakterivor egysejtű.[4]
Genetika
[szerkesztés]MtDNS-e S10 csoportjából csak az rpl2, rps19, rps3, rpl16, a spektinomicinnel jelöltből csak az rpl5, rps14, rps8, rpl6 vannak, míg az α-riboszomálisfehérje-csoport adk és rpoA génjei hiányoznak.[8] 27 tRNS-e van.[8]:3B ábra Mitokondriális rrn5 génje az rnl és a trnD gének közt van[9]:S1 táblázat az rns gén előtt.[9]
Kerek mitokondriális genomját 2014-ben szekvenálták, hossza 48 463 bp, legalább 41 génje van, 22 az elektrontranszportláncban, 19 a transzlációban játs zik szerepet.[10] A humán DNS-polimeráz γ-val homológ rdxPolA-val rendelkezik.[11] GC-tartalma 33,8%, a kódoló szakaszoké 34,3%, a nem kódolóké 29,4%,[10] a kódoló szakaszokon belül a fehérjekódoló géneké 32,6%, az RNS-kódolóké 43,5%.[12] 6 fizikailag egymással átfedő génpárja van, az rpl16 az rps3-mal és az rpl14-gyel, az rps8 az rps14-gyel és az rpl6-tal, a nad4 a nad2-vel, a cox1 egy akkor ismeretlen funkciójú nyitott leolvasási kerettel, az URF111-gyel fed át.[10] Egy GUU antikodonú aszparaginil-tRNS-génje és egy ugyanilyen antikodonú aszparaginil-tRNS-pszeudogénje van.[10] Általában standard átírási táblázat szerint történik a transzkripció egy atp1-ben lévő nem standard startkodontól eltekintve.[10] Kódoló szakaszai aránya 65,7%.[13] Rendelkezik atp3-mal, de nem rendelkezik atp4-gyel.[14]
ATP-szintáza 5 hélixes b alegységet tartalmaz, e, g, h és k alegység nem ismert benne.[15]
Filogenetika
[szerkesztés]Korábban a parafiletikus Excavata Eolouka csoportjába sorolták,[3] a Derelle et al. 2015-ös tanulmánya alapján a Diphoda kládba tartozó Discobán belül a Discicristata tagja.[16][4]
Jegyzetek
[szerkesztés]- ↑ a b c Yabuki A, Nakayama T, Yubuki N, Hashimoto T, Ishida K-I, Inagaki Y (2011. július 1.). „Tsukubamonas globosa n. gen., n. sp., A Novel Excavate Flagellate Possibly Holding a Key for the Early Evolution in "Discoba": Tsukubamonas globosa n. g., n. sp.” (angol nyelven). Journal of Eukaryotic Microbiology 58 (4), 319–331. o. DOI:10.1111/j.1550-7408.2011.00552.x. PMID 21569159.
- ↑ Cavalier-Smith T (2013). „Early evolution of eukaryote feeding modes, cell structural diversity, and classification of the protozoan phyla Loukozoa, Sulcozoa, and Choanozoa”. European Journal of Protistology 49 (2), 115–178. o. DOI:10.1016/j.ejop.2012.06.001. ISSN 0932-4739. PMID 23085100.
- ↑ a b c d Cavalier-Smith T (2017. szeptember 5.). „Kingdom Chromista and its eight phyla: a new synthesis emphasising periplastid protein targeting, cytoskeletal and periplastid evolution, and ancient divergences”. Protoplasma 255 (1), 297–357. o. DOI:10.1007/s00709-017-1147-3. PMID 28875267. PMC 5756292.
- ↑ a b c d e f Adl SM, Bass D, Lane CE, Lukeš J, Schoch CL, Smirnov A, Agatha S, Berney C, Brown MW, Burki F, Cárdenas P, Čepička I, Chistyakova L, Del Campo J, Dunthorn M, Edvardsen B, Eglit Y, Guillou L, Hampl V, Heiss AA, Hoppenrath M, James TY, Karnkowska A, Karpov S, Kim E, Kolisko M, Kudryavtsev A, Lahr DJG, Lara E, Le Gall L, Lynn DH, Mann DG, Massana R, Mitchell EAD, Morrow C, Park JS, Pawlowski JW, Powell MJ, Richter DJ, Rueckert S, Shadwick L, Shimano S, Spiegel FW, Torruella G, Youssef N, Zlatogursky V, Zhang Q (2019. január 19.). „Revisions to the Classification, Nomenclature, and Diversity of Eukaryotes”. J Eukaryot Microbiol 66 (1), 4–119. o. DOI:10.1111/jeu.12691. PMID 30257078. PMC 6492006.
- ↑ Cavalier-Smith T, Chao EE (2020. január 3.). „Multidomain ribosomal protein trees and the planctobacterial origin of neomura (eukaryotes, archaebacteria)”. Protoplasma 257 (3), 621–753. o. DOI:10.1007/s00709-019-01442-7. PMID 31900730. PMC 7203096.
- ↑ a b Cavalier-Smith T (2022. május). „Ciliary transition zone evolution and the root of the eukaryote tree: implications for opisthokont origin and classification of kingdoms Protozoa, Plantae, and Fungi”. Protoplasma 259 (3), 487–593. o. DOI:10.1007/s00709-021-01665-7. PMID 34940909. PMC 9010356.
- ↑ Yabuki A, Gyaltshen Y, Heiss AA, Fujikura K, Kim E (2018. november 1.). „Ophirina amphinema n. gen., n. sp., a New Deeply Branching Discobid with Phylogenetic Affinity to Jakobids”. Sci Rep 8. DOI:10.1038/s41598-018-34504-6. PMID 30385814. PMC 6212452.
- ↑ a b Yang J, Harding T, Kamikawa R, Simpson AGB, Roger AJ (2017. május 1.). „Mitochondrial Genome Evolution and a Novel RNA Editing System in Deep-Branching Heteroloboseids”. Genome Biol Evol 9 (5), 1161–1174. o. DOI:10.1093/gbe/evx086. PMID 28453770. PMC 5421314.
- ↑ a b Valach M, Burger G, Gray MW, Lang BF (2014. december 16.). „Widespread occurrence of organelle genome-encoded 5S rRNAs including permuted molecules”. Nucleic Acids Res 42 (22), 13764–13777. o. DOI:10.1093/nar/gku1266. PMID 25429974. PMC 4267664.
- ↑ a b c d e Kamikawa R, Kolisko M, Nishimura Y, Yabuki A, Brown MW, Ishikawa SA, Ishida K, Roger AJ, Hashimoto T, Inagaki Y (2014. január 21.). „Gene content evolution in Discobid mitochondria deduced from the phylogenetic position and complete mitochondrial genome of Tsukubamonas globosa”. Genome Biol Evol 6 (2), 306–315. o. DOI:10.1093/gbe/evu015. PMID 24448982. PMC 3942025.
- ↑ Harada R, Hirakawa Y, Yabuki A, Kim E, Yazaki E, Kamikawa R, Nakano K, Eliáš M, Inagaki Y (2024. február 1.). „Encyclopedia of Family A DNA Polymerases Localized in Organelles: Evolutionary Contribution of Bacteria Including the Proto-Mitochondrion”. Mol Biol Evol 41 (2), msae014. o. DOI:10.1093/molbev/msae014. PMID 38271287. PMC 10877234.
- ↑ Fu CJ, Sheikh S, Miao W, Andersson SG, Baldauf SL (2014. augusztus 21.). „Missing genes, multiple ORFs, and C-to-U type RNA editing in Acrasis kona (Heterolobosea, Excavata) mitochondrial DNA”. Genome Biol Evol 6 (9), 2240–57. o. DOI:10.1093/gbe/evu180. PMID 25146648. PMC 4202320.
- ↑ Ettahi K, Lhee D, Sung JY, Simpson AGB, Park JS, Yoon HS (2021. február 3.). „Evolutionary history of mitochondrial genomes in Discoba, including the extreme halophile Pleurostomum flabellatum (Heterolobosea)”. Genome Biol Evol 13 (2), evaa241. o. DOI:10.1093/gbe/evaa241. PMID 33185659. PMC 7900873.
- ↑ Kim JI, Yoon HS, Yi G, Shin W, Archibald JM (2018. április 20.). „Comparative mitochondrial genomics of cryptophyte algae: gene shuffling and dynamic mobile genetic elements”. BMC Genomics 19. DOI:10.1186/s12864-018-4626-9. PMID 29678149. PMC 5910586.
- ↑ Sinha SD, Wideman JG (2023. április 19.). „The persistent homology of mitochondrial ATP synthases”. iScience 26 (5), 106700. o. DOI:10.1016/j.isci.2023.106700. PMID 37250340. PMC 10214729.
- ↑ Derelle, Romain (2015. február 17.). „Bacterial proteins pinpoint a single eukaryotic root” (angol nyelven). Proceedings of the National Academy of Sciences 112 (7), E693–E699. o. DOI:10.1073/pnas.1420657112. PMID 25646484. PMC 4343179.
Fordítás
[szerkesztés]Ez a szócikk részben vagy egészben a Tsukubamonas című angol Wikipédia-szócikk ezen változatának fordításán alapul. Az eredeti cikk szerkesztőit annak laptörténete sorolja fel. Ez a jelzés csupán a megfogalmazás eredetét és a szerzői jogokat jelzi, nem szolgál a cikkben szereplő információk forrásmegjelöléseként.
