A szülővárosának az első számú klubjának az Athletic Bilbao akadémiáján nevelkedett. Itt először a B csapatban, a Bilbao Athletic csapatában szerepelt, majd a felnőttek között bizonyíthatott. 1987. október 24-én a Real Valladolid ellen debütált a felnőtt keretben kezdőként. 172 bajnokin 2 gólt szerzett. Ezek után 1993 nyarán aláírt a Real Madrid csapatához.[1] A klubban Fernando Hierro társaként állt a védelem középpontjában. Több mint 150 tétmérkőzésen lépett pályára a királyi klubnál és nyert két bajnoki címet, valamint egy szuperkupát, mielőtt visszatért volna az Athletic Bilbao együtteséhez 1997-ben. Több mint 100 mérkőzésen szerepelt ezt követően régi-új klubjában a 2002-es visszavonulásáig.
2014. július 1-jén a Real Madrid korábbi ikonja, Míchel felkérte hogy az Olimbiakósz csapatánál legyen az edzői stábjának a tagja.[3] 24 mérkőzésen dolgoztak a görög klubnál együtt, majd miután Míchel távozott a klubtól Alkorta is távozott. 2015 augusztusában a spanyol edzőt a francia Marseille csapatához hívták, vele tartott Alkorta is egészen a 2016-os távozásukig.[4]
