Prasinoderma
 | ||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Rendszertani besorolás | ||||||||||||||
| ||||||||||||||
| Fajok | ||||||||||||||
| ||||||||||||||
| Hivatkozások | ||||||||||||||
 A Wikifajok tartalmaz Prasinoderma témájú rendszertani információt. |
A Prasinoderma a Prasinodermophyta Prasinodermophyceae csoportjának egyetlen nemzetsége.[1] Mindkét faja egysejtű, de a Prasinoderma coloniale laza ragadós kolóniákat alkot.[2]
Történet
[szerkesztés]A Prasinodermophyta felfedezése előtt
[szerkesztés]A Prasinodermát 1996-ban írták le Haszegava és Csihara egy fajjal (Prasinoderma coloniale).[3] Második faját, a Prasinoderma singularist Jouenne írta le 2011-ben,[2] de egyes 2023–2024-es tanulmányokban P. singulareként szerepel.[4]
Korábban a Prasinophyta VI. kládjának Prasinococcales rendjébe sorolták,[5] és bazális valódizöldmoszat-kládnak tekintették. Leliaert et al. 2016-ban nevezték el a VI. kládot Palmophyllophyceaenek.[6] Adl et al. 2019-es rendszertanában is a valódi zöldmoszatok Palmophyllophyceae osztálya Prasinococcales rendjében szerepelt,[7]
A Prasinodermophyta felfedezésétől
[szerkesztés]2020-ban Li et al. kimutatták, hogy a Chlorophyta és a Streptophyta közös kládjának testvértörzsébe tartozik, ezt Prasinodermophytának nevezték el, a Prasinodermát pedig egy kizárólag e nemzetséget tartalmazó osztályba helyezték, ez lett a Prasinodermophyceae, egyetlen rendje a Prasinodermales, egyetlen családja a Prasinodermaceae. Az önmagában a P. coloniale általi hosszúág-vonzás kérdésének ellenőrzésére a Prasinococcus capsulatust is hozzáadták a filogenetikus fához.[1]
2023-ban Yang et al. a visszatérést a Palmophyllophyceae egyetlen osztálykénti használatára a Mamiellophyceae kládhoz hasonló genetikai különbségek és a Prasinococcus ismeretlen helye miatt.[8]
Morfológia
[szerkesztés]Planktonikus nemzetség egysejtű vagy sejtkolónia-képző fajokkal. Ostora és pikkelyei nincsenek.[7]
Életmód
[szerkesztés]Fajai fotoszintetikus egysejtű vagy kolóniaképző élőlények.[7]
Életciklus
[szerkesztés]Ivartalan szaporodása aszimmetrikus kettéhasadással történik: egyik utódsejtje a szülősejt falát tartja meg, a másik új sejtfallal rendelkezik.[7] A meiózishoz kapcsolódó 40 ismert génből 31 – több, mint például a Symbiodiniumban vagy a Trichomonasban ismert ilyen gének (25 és 27) –, köztük a 11 ismert meiózisspecifikus génből 8 ismert a P. colonialében – több, mint például a Giardia 5 vagy az Auxenochlorella és Helicosporidium 4 ismert génje, de a Micromonas ilyen génjei számával közel azonos. Ivaros szaporodása ennek ellenére nem ismert, de létezhet.[1]
Életciklusában nem ismert ostoros szakasz, azonban mivel rendelkezik több olyan fehérjével, mellyel a legtöbb ostor nélküli faj nem – ilyenek például a dinein-nehézláncok (DHC), a központipár-, a legtöbb ostorbelitranszport- (IFT) és sugarastüske-fehérje (RSP) –, azonban a Prasinoderma colonialében Li et al. 217 ostorfehérjét azonosított, ebből 50 az ostorok kialakításában fontos. Ilyen fehérjék például a 12 IFT-fehérje, a 6 DHC és az RSP3, mely alapján a Prasinodermáról feltételezték, hogy lehet ostoros szakasza. A központi mikrotubuluspár PF6 fehérjéje hiánya alapján a P. coloniale ostoros szakasza rövid és feltehetően rejtett lehet.[1]
Genetika
[szerkesztés]Egy VPS13M fehérjéje van a Prasinodermophyta többi ismert tagjához és a Chlorophytához hasonlóan, emellett rendelkezik egy VPS13Y fehérjével. Egy P. coloniale-szekvencia VPS13-fehérjéje ismeretlen helyzetű – lehet a VPS13M-hez képest bazális, de más csoportok rokona is lehet.[4]
Reakcióutak
[szerkesztés]Nikotinamid-adenin-dinukleotid- és nikotinamid-adenin-dinukleotid-foszfát-szintézis kinurenin- és aszpartátútja génjei is megtalálhatók, ezzel az első olyan klád, melyben igazolták a két út együttes létét.[1]
mtDNS
[szerkesztés]A Prasinoderma coloniale mtDNS-e 54 546 bp hosszú, 55 különböző génje van – ezzel az Ostreococcus tauri, a Micromonas pusilla és a Nephroselmis olivacea sok- és a Pycnococcus provasolii kevésgénes mitokondriális genomja közt van –, ebből 20 – köztük a két rRNS-gén – a nagy fordított ismétlődésű részben van. LSU rRNS-génje (rnl) 2 transz-splicinggal kikerülő I-es csoportbeli 2 részes intronnal rendelkezik, melyek töréspontja a cisz-splicinggal kivágott ortológok nyitott leolvasási keretének megfelelő helyen van. Cisz-splicinggal kivágott vagy II-es csoportbeli intronja nincs.[5]
A Prasinoderma sp. NBRC 102842 mtDNS-e 37 590 bp, vagyis mintegy kétharmada a P. coloniale mtDNS-ének, és vele ellentétben nem rendelkezik nagy fordított ismétlődésű szakasszal, azonban annál több – 68 – gént tartalmaz.[9]
Feltehetően nincs DMC1-e, mely a Drosophila és a Caenorhabditis rekombinációfüggetlen párosodási és szinapszismechanizmushoz való adaptációjával függhet össze.[1]
Összehasonlítás hasonló csoportokkal
[szerkesztés]Az O. taurival, a M. pusillával, a N. olivaceával és a Pycnococcus provasoliival szemben mtDNS-e a szukcinát-dehidrogenáz 3. alegységét kódoló sdh3-at tartalmazza.[5]
A Prasinophyta II. vagy III. kládjának genomjaiban jelenlévő, de a P. coloniale hiányzó 16 génje nincs jelen a Pycnococcusban sem. Ezek nem fokozatos, hanem feltehetően a V. és VI. kládban jelentkezett független génveszteségeket jelentenek.[5]
A P. coloniale mtDNS-ének 73,8%-át fedik le állandósult gének, ezzel ez a legkevésbé sűrű a 2013-ig szekvenáltak közül. A kis ismétlődő szakaszok a genom közel 4%-át teszik ki.[5]
ptDNS
[szerkesztés]A P. coloniale CCMP:1220 ptDNS-ét 2014-ben szekvenálták. Körkörös, 77 750 bp hosszú, 115 génje tartalmazza a NADH:ubikinon-oxidoreduktáz mind a 11 alegységét, 19 közös géncsoportja van a Prasinoderma sp. NBRC 102842-vel, melyek együtt a Prasinoderma génjeinek 67%-át teszik ki.[10]
7 LHC-klád tagjai vannak benne jelen – a P. coloniale 9 Lhca-gént tartalmaz, többet, mint a legtöbb korán kialakult valódizöldmoszat-csoportban és a Mesostigmában, ahol 6 van. A Mamiellophyceaehez hasonlóan 2 LHCX fehérjéje van. 3 hélixfehérjéje van a Cyanophora paradoxához hasonlóan. Más LHC-szerű fehérjék, például a RedCap, a Streptophytában megjelent SEP és az LHCL nincsenek jelen.[1]
A sok klorofill a/b-kötő fehérje a kevés fényhez való adaptáció lehet, ahol hosszabb LHC-antennák kellenek. Ezt megerősíti az alacsony Chl a/b arány a Prasinodermophytában – ez a Prasinodermában 1,13, a Palmophyllumban 0,64 –, és hogy 6 ELIP-je (korai fényindukált fehérje) van, kevesebb, mint a legtöbb valódi zöldmoszatban (Ulva lactuca: 9, Chlamydomonas reinhardtii: 10) vagy a Streptophyta korai kládjaiban (Chlorokybus atmophyticus: 13, Klebsormidium nitens: 9).[1]
A plasztisz-SSU rRNS 30. hélixének utolsó bázispárjával egyértelműen azonosítható a Prasinoderma: az e nemzetségben U–A, nem C–G.[1]:1. kiegészítő adat
Rendszertan
[szerkesztés]A nemzetség jelenleg 2 leírt fajt tartalmaz:
- Prasinoderma coloniale Hasegawa et Chihara 1996[3]
- Prasinoderma singularis Jouenne 2011[2] (= P. singulare orth. var.)
Emellett több végleges név nélküli faja is van.[10]
Jegyzetek
[szerkesztés]- ↑ a b c d e f g h i j k l m Li L, Wang S, Wang H, Sahu SK, Marin B, Li H, Xu Y, Liang H, Li Z, Chen S, Reder T, Çebi Z, Wittek S, Petersen M, Melkonian B, Du H, Yang H, Wong GKS, Xu X, Liu X, van de Peer Y, Melkonian M, Liu H (2020. június 22.). „The genome of Prasinoderma coloniale unveils the existence of a third phylum within green plants”. Nature Ecol Evol 4 (9), 1220–1231. o. DOI:10.1038/s41559-020-1221-7. PMID 32572216. PMC 7455551.
- ↑ a b c Jouenne F, Eikrem W, Le Gall F, Marie D, Johnsend G, Vaulot D (2011. január 1.). „Prasinoderma singularis sp. nov. (Prasinophyceae, Chlorophyta), a solitary coccoid prasinophyte from the South-East Pacific Ocean”. Protist 162 (1), 70–84. o. DOI:10.1016/j.protis.2010.04.005.
- ↑ a b Hasegawa T, Miyashita H, Kawachi M, Ikemoto H, Kurano N, Miyachi S, Chihara M (1996). „Prasinoderma coloniale gen. et sp. nov., a new pelagic coccoid prasinophyte from the western Pacific Ocean”. Phycologia 35 (2), 170–176. o. DOI:10.2216/i0031-8884-35-2-170.1.
- ↑ a b Leterme S, Bastien O, Aiese Cigliano R, Amato A, Michaud M (2023. november 27.). „Phylogenetic and structural analyses of VPS13 proteins in Archaeplastida reveal their complex evolutionary history in Viridiplantae”. Contact 6. DOI:10.1177/25152564231211976. PMID 38033810. PMC 10683392. (Hozzáférés: 2024. november 28.)
- ↑ a b c d e Pombert JF, Otis C, Turmel M, Lemieux C (2013. december 26.). „The mitochondrial genome of the prasinophyte Prasinoderma coloniale reveals two trans-spliced group I introns in the large subunit rRNA gene”. PLoS One 8 (12). DOI:10.1371/journal.pone.0084325. PMID 24386369. PMC 3873408.
- ↑ Leliaert F, Tronholm A, Lemieux C, Turmel M, DePriest MS, Bhattacharya D, Karol KG, Fredericq S, Zechman FW, Lopez-Bautista JM (2016. május 9.). „Chloroplast phylogenomic analyses reveal the deepest-branching lineage of the Chlorophyta, Palmophyllophyceae class. nov”. Sci Rep 6. DOI:10.1038/srep25367. PMID 27157793. PMC 4860620.
- ↑ a b c d Adl SM, Bass D, Lane CE, Lukeš J, Schoch CL, Smirnov A, Agatha S, Berney C, Brown MW, Burki F, Cárdenas P, Čepička I, Chistyakova L, Del Campo J, Dunthorn M, Edvardsen B, Eglit Y, Guillou L, Hampl V, Heiss AA, Hoppenrath M, James TY, Karnkowska A, Karpov S, Kim E, Kolisko M, Kudryavtsev A, Lahr DJG, Lara E, Le Gall L, Lynn DH, Mann DG, Massana R, Mitchell EAD, Morrow C, Park JS, Pawlowski JW, Powell MJ, Richter DJ, Rueckert S, Shadwick L, Shimano S, Spiegel FW, Torruella G, Youssef N, Zlatogursky V, Zhang Q (2019. január 19.). „Revisions to the Classification, Nomenclature, and Diversity of Eukaryotes”. J Eukaryot Microbiol 66 (1), 4–119. o. DOI:10.1111/jeu.12691. PMID 30257078. PMC 6492006.
- ↑ Yang Z, Ma X, Wang Q, Tian X, Sun J, Zhang Z, Xiao S, De Clerck O, Leliaert F, Zhong B (2023. szeptember 11.). „Phylotranscriptomics unveil a Paleoproterozoic-Mesoproterozoic origin and deep relationships of the Viridiplantae”. Nat Commun 14. DOI:10.1038/s41467-023-41137-5. PMID 37696791. PMC 10495350.
- ↑ Turmel M, Otis C, Lemieux C (2019. december 11.). „Complete mitogenomes of the marine picoplanktonic green algae Prasinoderma sp. MBIC 10622 and Prasinococcus capsulatus CCMP 1194 (Palmophyllophyceae)”. Mitochondrial DNA B Resour 5 (1), 166-168. o. DOI:10.1080/23802359.2019.1698370. PMID 33366470. PMC 7748750.
- ↑ a b Lemieux C, Otis C, Turmel M (2014. október 4.). „Six newly sequenced chloroplast genomes from prasinophyte green algae provide insights into the relationships among prasinophyte lineages and the diversity of streamlined genome architecture in picoplanktonic species”. BMC Genomics 15. DOI:10.1186/1471-2164-15-857. PMID 25281016. PMC 4194372.
Fordítás
[szerkesztés]Ez a szócikk részben vagy egészben a Prasinoderma című angol Wikipédia-szócikk ezen változatának fordításán alapul. Az eredeti cikk szerkesztőit annak laptörténete sorolja fel. Ez a jelzés csupán a megfogalmazás eredetét és a szerzői jogokat jelzi, nem szolgál a cikkben szereplő információk forrásmegjelöléseként.
