Marko Šćepović Belgrádban született, kisebb helyi csapatokban futballozott, majd a Partizanhoz került. Az első csapatban 2010szeptember 3-án szerezte első gólját, majd a Crvena zvezda ellen 3-1-re megnyert belgrádi derbi után a meccs emberének választották.[1] A mérkőzés után kisebb balhéba keveredett miután csendre intette a ellenfél elkeseredett, és ezáltal feldúlt szurkolóit.[2]
Nem ez volt az egyetlen balhés ügye, 2013 augusztusában a belgrádiakkal BL-selejtezőt játszottak, és buktak el a bolgár PFK Ludogorec Razgrad ellen. A hazai visszavágó után a Grobari szurkolói csoport vezéralakja beugrott a pályára és lerángatta Šćepovićról a mezt és a kapitányi karszalagot. Az ügy később a bíróságon folytatódott.[3][4]
A történések után szeptemberben már a görög Olimbiakósz játékosa volt,[5] akikkel bajnoki címet nyert ugyan, de kevés lehetőséget, mindössze hét bajnokit kapott a bizonyításra. A következő három évben a pireusziak kölcsönadták a Mallorcának[6] és a Tyerek Groznijnak, de megfordult a belga bajnokságban is.
2016. augusztus 30-án hároméves szerződést kötött a Videotonnal.[7] Három szezont töltött a székesfehérvári csapatnál, ez idő alatt 114 tétmérkőzésen lépett pályára. Bajnokságot nyert a klubbal és a 2018-2019-es szezonban az Európa-liga csoportkörében szerepelt az együttessel. 2019. augusztus 30-án a török Çaykur Rizespor szerződtette.[8] 2021 januárjában, rövid thaiföldi kitérőt követően, a ciprusi élvonalban szereplő Omónia játékosa lett.[9]
↑Kimi saslušavan sat i po (szerb nyelven). Mondo, 2013. augusztus 9. (Hozzáférés: 2014. szeptember 3.)
↑Ο Σκέποβιτς στον Ολυμπιακό (görög nyelven). Gazzeta.gr, 2013. szeptember 1. (Hozzáférés: 2014. december 7.)
↑Marko Scepovic jugará en el Mallorca (spanyol nyelven). Mallorca's official website, 2014. augusztus 20. [2014. augusztus 22-i dátummal az eredetiből archiválva]. (Hozzáférés: 2014. augusztus 21.)