A klubot 1929-ben alapították két városi klub, a Levante és a Racing egyesítésével. Négy évvel később csatlakozott a spanyol labdarúgó-szövetséghez.
A másodosztályba először 1942-ben jutott fel, három évvel később pedig már az első osztályban játszhatott. 1951-ig sokat ingázott a két osztály között, végül 1954-ben a másodosztályból is kiesett. Legsikeresebb első osztályú szezonja egyébként az 1947-48-as volt, amikor tizedikként megelőzte többek között a Real Madridot is.
Az 50-es évek második felétől kezdve leginkább a Tercera Divisiónban szerepelt, néhány másodosztályú idénytől eltekintve. 1977-ben létrehozták Spanyolországban a Segunda B-t, így a Tercera División ekkortól kezdve már csak a negyedosztály szerepét töltötte be. Az Alcoyano a változás idején nem váltott osztályt. Az újonnan létrejött harmadosztályba először 1982-ben jutott fel, és bár azóta többször végzett elvi feljutást érő helyen, a rájátszásokat sosem sikerült sikerrel abszolválnia.