B-DNS
A B-DNS a dezoxiribonukleinsav egyik lehetséges kettőshélix-szerkezete.[1]
Jellemzői
[szerkesztés]A B-DNS jobbra forduló kétszálú DNS-szerkezet, mely az A-DNS-nél lazább, nukleobázisai a hélixtengelyre merőlegesek. A B-DNS a fiziológiás körülmények közt legjellemzőbb DNS-szerkezet, például a sejtek kromoszómáiban is így van jelen a DNS.[2] További DNS-szerkezetek például az A-DNS, a Z-DNS, a hajtű-, a triplex, a kereszt alakú, a balra forgató Z, a tetraplex és az A-motívum.[3] A lazább forma miatt a B-DNS-ben az A-DNS-nél kevesebb nukleobázis van fordulatonként, a nagy mélyedés sekélyebb, a kicsi mélyebb, és fordulatonként 30%-kal hosszabb.[4]
Kétszálú DNS-szerkezetek (dsDNS)
[szerkesztés]
| Geometria | A-DNS | B-DNS | Z-DNS |
|---|---|---|---|
| Hélixállás | jobbra forgat | jobbra forgat | balra forgat |
| Ismétlődő egység | 1 bázispár | 1 bázispár | 2 bázispár |
| Forgás/bázispár | 32,7° | 34,3° | 60°/2 |
| Átlagos bp/fordulat | 11 | 10 | 12 |
| Bázispár-inklináció | +19° | −1,2° | −9° |
| Tengelymenti emelkedés/bp | 2,6 Å (0,26 nm) | 3,4 Å (0,34 nm) | 3,7 Å (0,37 nm) |
| Fordulatonkénti emelkedés | 28,6 Å (2,86 nm) | 35,7 Å (3,57 nm) | 45,6 Å (4,56 nm) |
| Átlagos csavarodás | +18° | +16° | 0° |
| Glikozilszög | anti | anti | pirimidin: anti,
purin: szin |
| Nukleotidok foszfát-foszfát távolsága | 5,9 Å | 7,0 Å | C: 5,7 Å, G: 6,1 Å |
| Cukorhelyzet | C3'-endo | C2'-endo | C: C2'-endo, G: C3'-endo |
| Átmérő | 23 Å (2,3 nm) | 20 Å (2,0 nm) | 18 Å (1,8 nm) |
Jegyzetek
[szerkesztés]- ↑ D. L. Beveridge, T. E. Cheatham, M. Mezei (2012. július). „The ABCs of molecular dynamics simulations on B-DNA, circa 2012”. Journal of biosciences 37 (3), 379–397. o. PMID 22750978. PMC 4029509.
- ↑ A. S. Boyer, S. Grgurevic, C. Cazaux, J. S. Hoffmann (2013. november). „The human specialized DNA polymerases and non-B DNA: vital relationships to preserve genome integrity”. Journal of molecular biology 425 (23), 4767–4781. o. DOI:10.1016/j.jmb.2013.09.022. PMID 24095858.
- ↑ J. Choi, T. Majima (2011. december). „Conformational changes of non-B DNA”. Chemical Society reviews 40 (12), 5893–5909. o. DOI:10.1039/c1cs15153c. PMID 21901191.
- ↑ Sablon:Ccite journal
Fordítás
[szerkesztés]Ez a szócikk részben vagy egészben a B-DNA című német Wikipédia-szócikk ezen változatának fordításán alapul. Az eredeti cikk szerkesztőit annak laptörténete sorolja fel. Ez a jelzés csupán a megfogalmazás eredetét és a szerzői jogokat jelzi, nem szolgál a cikkben szereplő információk forrásmegjelöléseként.
Források
[szerkesztés]- E. Girard, T. Prangé, A. C. Dhaussy, E. Migianu-Griffoni, M. Lecouvey, J. C. Chervin, M. Mezouar, R. Kahn, R. Fourme (2007). „Adaptation of the base-paired double-helix molecular architecture to extreme pressure”. Nucleic acids research 35 (14), 4800–4808. o. DOI:10.1093/nar/gkm511. PMID 17617642. PMC 1950552.
- P. Cysewski (2009. június). „The post-SCF quantum chemistry characteristics of inter- and intra-strand stacking interactions in d(CpG) and d(GpC) steps found in B-DNA, A-DNA and Z-DNA crystals”. Journal of molecular modeling 15 (6), 597–606. o. DOI:10.1007/s00894-008-0378-9. PMID 19039609.
- Nucleic Acid Nomenclature (angolul)
További információk
[szerkesztés]