A klubot 1971-ben alapították, és első hat évét regionális bajnokságokban töltötte. 1977-ben feljutott a Tercera Divisiónba, ám ekkor még rögtön kiesett. Egy év után ismét sikerült a feljutás, és innentől kezdve kilenc szezont folyamatosan a negyedosztályban töltöttek. Ezt követően 1988-tól tíz évig folyamatosan ingáztak a Tercera División és a regionális bajnokság között. Az 1999–2000-es szezonban az Alcorcón újoncként rögtön ötödik lett a negyedosztályban, így 2000-től már a Segunda B-ben játszhatott.
Tíz év harmadosztályú tagság után az egyesület története során először, a 2010-11-es szezont a másodosztályban kezdheti.
A madridi kiscsapat a Copa del Rey2009–10-es kiírásában története addigi legnagyobb sikerét érte el. A negyedik fordulóban, a nyolcaddöntőbe jutásért a nagynevű Real Madrid CF volt az ellenfél. Az első mérkőzésen, hazai pályán az Alcorcón hatalmas meglepetésre 4–0 arányban legyőzte sokkal esélyesebb riválisát.[1] Az ellenfél kezdőcsapatában kilenc válogatott játékos szerepelt, valamint három a cserepadon, akik egyaránt pályára léptek.[2] Mivel a Real a visszavágón nem tudta ledolgozni négy gólos hátrányát, így az Alcorcón jutott a nyolcaddöntőbe.[3] Itt végül 3–2-es összesítéssel esett ki a Racing Santander ellen.
Juan Ramón López Muñiz
Alfredo Bayarri
Chupe
Derek Decamps
Nathaniel Revetria
Matar Diop
José Luis Capdevila
Gonzalo García
