pBI143
A pBI143 mintegy 2700 bázispárból álló plazmid. 1985-ben fedezték fel Bacteroides fragilisban, ezzel ez volt az első ott felfedezett plazmid.[1]
Előfordulás
[szerkesztés]A pBI143 számos baktériumban, például a Bacteroides fragilisban vagy a Phocaeicola vulgatusban megtalálható.[1][2] Ez a plazmid az emberi emésztőrendszer teljes genetikai állományának mintegy 0,1%-át teszi ki, és nagyrészt iparosodott országokban fordul elő. E plazmid mintegy 14-szer gyakoribb, mint a korábban a leggyakoribb genetikai elemnek tekintett crAssfág. Legtöbb mutációja bizonyos helyeken történik a legtöbb emberben a több ezer elemzett metagenom alapján, ez erős tisztító szelekcióra utal.
Tulajdonságok
[szerkesztés]A pBI143 a legtöbb emberben monoklonális, feltehetően az elsőként megjelent verzió prioritáshatása miatt. A legegyszerűbb kétgénes változat feltehetően parazita, de további géneket hordozhat. Mennyisége stressz – például gyulladásos bélbetegségek – esetén nő. A Bacteroidales tagjai közt mozog, de nem befolyásolja a baktériumok rátermettségét.[2]
A pBI143 elsőként leírt változata 2747 bázispárból áll, GC-tartalma 41%, és két 50 kodonnál hosszabb nyitott leolvasási keretből áll, ezek a mobA és a repA, melyeket egy 56 bázispáros fordított ismétlés választ el.[3] Fogarty et al. 2024-ben további 3 változatot írtak le 2751, 2784, illetve 2782 bázispárral, ezek közül a referenciával 98%-ban azonos 1. változat volt a leggyakoribb Európában és Észak-Amerikában (az ausztriai, kanadai, dániai, angliai, finnországi, olaszországi, hollandiai, spanyolországi, svédországi és amerikai egyesült államokbeli minták 82,5%-a), ezzel szemben a 2. változat volt a leggyakoribb Ázsiában (a kínai, japán és koreai minták 63,6%-ában volt megtalálható), a 3. ritka volt – a pBI143-pozitív minták mintegy 7,4%-ában fordult elő, jellemzően Japánban, Koreában, Ausztráliában, Svédországban és Izraelben.[2]
Általában vertikálisan adódik át.[2]
Nyitott leolvasási keretek
[szerkesztés]A repA GC-tartalma 33%, a mobA-é 44%, a repA a Zymomonas mobilis pZM2 plazmidjával, a mobA más Bacteroides-mobilizációs fehérjékkel homológ. E két feltételezett replikációs fehérje a Gram-pozitív plazmidok pSN2 családjához tartozó görgőkörös replikációs fehérjék családjába tartozik.[3] Ennek megfelelően egyszálú pBI143-DNS-t találtak a plazmidtartalmú Bacteroides fraglilis-tenyészetekben.[3]
Hordozók
[szerkesztés]Fogarty et al. 2024-ben kimutatták, hogy a pBI143 de facto gazdája, a B. fragilis a metagenomok mintegy 41%-ában volt a pBI143-mal együtt jelen, és mivel a szekvenálási mélység nem magyarázta ezt, mivel a pBI143 több mint 50-szer volt megtalálható B. fragilis nélküli metagenomokban, gazdatartománya nem korlátozódik rá.[2]
A pBI143 elsősorban a humán emésztőrendszerben van jelen 88 eltérő környezetben, például óceánban, szennyvízben, kórházi felületeken és állati emésztőrendszerekben több mint 100 000 metagenomon végzett vizsgálat alapján, de előfordulhat más élőlényekben, például házi macskákban vagy laboratóriumban élő patkányokban is, de metagenomjaikban aránya 0,003, illetve 0,001% volt. Ezenkívül más humán testtájakban való vizsgálatok alapján a pBI143 az emberi testben az emésztőrendszeren kívül kis mennyiségben volt megtalálható.[2]
Hasonló DNS-részletek
[szerkesztés]A pBI143-szekvencia elérhetősége lehetővé tette egy 8,9 kb hosszú Bacteroides-vektor, a pFD288 teljes szekvenciájának elemzését.[3]
A Tn4555 antibiotikumrezisztencia-transzpozon törzsek közt vihető át konjugációval, de ehhez kromoszomális tetraciklinrezisztencia-elemek kellenek. Smith et al. 1996-ban a transzfermechanizmus genetikai szintű leírásáról számoltak be delécióelemzéssel és klónszekvenálással. Ezeket összehasonlították a pBI143 mobilizációs régióival, és kiderült, hogy a szülő genetikai elem eltérő szegmensén találhatók, melyeket másodlagos szerkezeti régiókkal határoztak meg, vagyis meghatározott mobilizációs kazetták létezhetnek.[4]
A pFL1 plazmid 2311 nukleotid hosszú, GC-tartalma 32,7%, és noha a hasonló hosszúságú plazmidokkal nem mutat hasonlóságot, két nyitott leolvasási kerete közül az I., az ORFI hasonló fehérjét kódol a Gram-negatív baktériumok plazmidjaihoz, a pBI143-hoz és a Zymomonas mobilis pZM2-jéhez.[5]
Jegyzetek
[szerkesztés]- ↑ a b Smith, C J (1985. október 1.). „Development and use of cloning systems for Bacteroides fragilis: cloning of a plasmid-encoded clindamycin resistance determinant”. Journal of Bacteriology 164 (1), 294–301. o. DOI:10.1128/jb.164.1.294-301.1985. ISSN 0021-9193. PMID 2995313. PMC 214243.
- ↑ a b c d e f (2024. február 29.) „A cryptic plasmid is among the most numerous genetic elements in the human gut”. Cell 187 (5), 1206–1222.e16. o. DOI:10.1016/j.cell.2024.01.039. PMID 38428395. (Hozzáférés: 2024. március 7.)
- ↑ a b c d Smith CJ, Rollins LA, Parker AC (1995. november). „Nucleotide sequence determination and genetic analysis of the Bacteroides plasmid, pBI143”. Plasmid 34 (3), 211–222. o. DOI:10.1006/plas.1995.0007. PMID 8825374. (Hozzáférés: 2024. március 7.)
- ↑ Smith CJ, Parker AC (1996. május). „A gene product related to Tral is required for the mobilization of Bacteroides mobilizable transposons and plasmids”. Mol Microbiol 20 (4). DOI:10.1111/j.1365-2958.1996.tb02513.x. PMID 8793871. (Hozzáférés: 2024. március 7.)
- ↑ Ashiuchi M, Zakaria MM, Sakaguchi Y, Yagi T (1999. január 1.). „Sequence analysis of a cryptic plasmid from Flavobacterium sp. KP1, a psychrophilic bacterium”. FEBS Microbiol Lett 170 (1), 243–249. o. DOI:10.1111/j.1574-6968.1999.tb13380.x. PMID 9919674. (Hozzáférés: 2024. március 7.)
 |
Az itt található információk kizárólag tájékoztató jellegűek, nem minősülnek orvosi szakvéleménynek, nem pótolják az orvosi kivizsgálást és kezelést. A cikk tartalmát a Wikipédia önkéntes szerkesztői alakítják ki, és bármikor módosulhat. |
