Ugrás a tartalomhoz

Dezoxiribozim

Ellenőrzött
A Wikipédiából, a szabad enciklopédiából

A dezoxiribozimek, más néven DNS-enzimek, DNSzimek vagy katalitikus DNS adott reakció végrehajtására képes, gyakran katalitikus dezoxiribonukleinsav-oligonukleotidok. Más enzimekhez (fehérjék, ribozimek) hasonlít működésük.[1] Azonban a biológiai rendszerekben gyakran előforduló fehérjeenzimekkel és az 1982-ben a természetben felfedezett ribozimekkel szemben[2][3] kevés bizonyíték van természetes dezoxiribozimekre.[4][5] A dezoxiribozimek nem tévesztendők össze a DNS-aptamerekkel, melyek szelektíven kötnek célligandumhoz, de a reakcióját nem katalizálják.

A ribozimek kivételével a nukleinsavak elsősorban genetikai információ tárolására szolgálnak komplementer bázispárjaik képzésére való képességük révén, lehetővé téve a nagy pontosságú másolást és transzkripciót. Ezzel szemben a nukleinsavak katalitikus képessége korlátozottabb a fehérjékkel szemben – csak 3 kölcsönhatást katalizálhat: hidrogénkötést, π-kölcsönhatás-létesítést és fémion-koordinációt a nukleinsav-monomerek kevés funkciós csoportja miatt: míg a fehérjék 20 különböző aminosavból épülnek fel számos funkciós csoporttal, a nukleinsavak csak 4 kémiailag hasonló nukleobázisból állnak. Ezenkívül a DNS-ben nincs jelen az RNS 2'-hidroxilcsoportja, ami a dezoxiribozimek katalitikus képességét korlátozza a ribozimekhez képest.[6]

A DNS kisebb katalitikus aktivitása mellett a természetes dezoxiribozimek hiányának oka lehet, hogy a biológiai rendszerekben a DNS kétszálú, ez korlátozza rugalmasságát és harmadlagosszerkezet-képzését, csökkentve a kétszálú DNS katalitikus képességét.[6] Vannak azonban biológiai egyszálú DNS-ek, például többpéldányú egyszálú DNS (msDNS), egyes vírusgenomok és a DNS-replikáció során keletkező replikációs villa. A DNS és az RNS szerkezetének további eltérései is szerepet játszhatnak a dezoxiribozimek kis mennyiségében, például a DNS timinjén az RNS uraciljához képest lévő metilcsoport vagy a DNS B-formájú hélix képzésére való hajlama, szemben az RNS A-formájával.[1] Azonban a DNS képes RNS-sel létre nem hozható szerkezetek képzésére, így szerkezeteik különbségei ellenére egyikük se képesebb vagy kevésbé képes katalízisre szerkezeti jellemzőik miatt.[1]

2021-ben indult el az ismert dezoxiribozimeket katalogizáló DNAmoreDB.[7]

Típusok

[szerkesztés]

Ribonukleázok

[szerkesztés]
A transz-17E dezoxiribozim. Számos ribonukleáz dezoxiribozim hasonló alakú, önálló enzim- (kék/világoskék) és szubsztrátszállal (fekete). Két komplementer bázisokból álló kar veszi az enzimszál katalitikus központjátt (világoskék) és a ribonukleotidot (piros) körül. A nyíl a ribonukleotid-leválasztási helyet mutatja.

A leggyakoribb dezoxiribozimek ribonukleázok, melyek egy ribonukleotid foszfodiészter-kötésének megszűnését katalizálja transzészterezéssel, 2'3'-gyűrűs foszfátot és 5'-hidroxilcsoportot adva.[6][8] A ribonukleáz dezoxiribozimek hosszú, egyszálú oligonukleotidok a leválasztási helyen egy ribonukleotiddal. Szekvenálás után az egyszálú cisz-dezoxiribozim átalakítható a kétszálú transz-formára a ribonukleotid-leválasztsi helyet tartalmazó szubsztrát- és a katalitikus központot tartalmazó enzimdomén két komplementer bázispárokból álló kar által hibridizációra képes külön szálakra való bontásával.

Az első ismert DNSzim egy 1994-ben Ronald Breaker és egy posztdoktor társa által Gerald Joyce laboratóriumában a Scripps Kutatóintézetben felfedezett ribonukleáz volt.[9] E dezoxiribozim, a GR-5,[10] ribonukleotid-foszfoészter Pb2+-dependens bontását katalizálja a katalizátor nélküli reakciósebesség több mint 100-szorosára.[9] Később további RNS-bontó dezoxiribozimeket fejlesztettek ki más fémkofaktorokkal, például a Mg2+-dependens E2-t[11] és a Ca2+-dependens Mg5-öt.[12] Ezek nem tudtak teljes RNS-szubsztrátot katalizálni, de annak szelekciós folyamatba illesztésével a tiszta RNS-ből vagy egy RNS-bázissal rendelkező DNS-ből álló szubsztrátú dezoxiribozimek működtek.[13] Az első többcélú dezoxiribozimeket, a 8–17-et és a 10–23-at tanulmányozzák jelenleg leginkább. Számos korábbi dezoxiribozim, például az Mg5 katalitikus központja a 8–17-hez hasonlít, így ez feltehetően „a legegyszerűbb megoldás az RNS-bontás problémájára”.[8][14] A 10–23 DNSzim két szubsztrátfelismerő résszel körülvett 15 nukleotidos központot tartalmaz. Ez a komplementer RNS-eket hatékonyan, szekvenciaspecifikusan bontja páratlan purin és párosított pirimidin közt. Az AU-t vagy GU-t célzó DNSzimek hatékonyabbak a GC-t vagy AC-t célzóknál. Az RNS-szétválasztás a katalitikus körben lévő dezoxiguanozin dezoxiinozinra való cseréje vagy köztes elemek beiktatása után gyorsabb lett. A 2'-O-metil módosítások jelentősen növelték a bontási sebességet in vitro és in vivo.[15] Más dezoxiribozim ribonukleázok adott kofaktorra erősen szelektívek, például a fémszelektív dezoxiribozimek, például a Pb2+-specifikus 17E,[16] az UO2+2-specifikus 39E[17] és a Na+-specifikus A43.[18] Az első DNSzim-kristályszerkezetet 2016-ban írták le.[19][20] 2018-ban 25 °C-on katalízisre képes 10-23-alapú DNSzimeket és megfelelő MNSzimeket fedeztek fel,[21] lehetővé téve ezen enzimek hevítésmentes használatát.

Egy 5'-GGAGAACGCGAGGCAAGGCTGGGAGAAATGTGGATCACGATT-3' szekvenciájú DNS fénnyel és szerotonin kofaktorral timindimert javító dezoxiribozim.[22]

RNS-ligázok

[szerkesztés]

Fontosak még a DNS-ligázok.[6] Ezek az RNS-elágazásos reakcióban jelentős kemoszelektivitást mutatnak. Bár az RNS minden ismétlődő részében van hidroxilcsoport, a DNS-ligáz csak egyiküket használja kezdetként. Ez hagyományos szerves kémiai úton nem végezhető el.

Egyéb reakciók

[szerkesztés]

Ismertek más, DNS-foszforilációt, -adenilációt, -deglikozilációt, porfinfémezést, timindimer-fotoreverziót[22] és DNS-szétválasztást végző dezoxiribozimek is.

Módszerek

[szerkesztés]

in vitro szelekció

[szerkesztés]

Mivel nem ismert természetes dezoxiribozim, a legtöbb ismert dezoxiribozimet in vitro szelekcióval fedezték fel.[23][24] Az in vitro szelekció nagy számú (általában 1014-1015) véletlenszerű DNS-szekvenciát használ, melyek adott katalitikus aktivitásra ellenőrizendők. Ezeket szilárd fázisú szintézissel állítják elő két állandó résszel (primerkötő helyek a PCR-sokszorosításhoz) egy adott hosszú – jellemzően 25-50 bázisból álló – rész körül. Mivel , nincs gyakorlati ok 25 bázis alatti véletlenszerű részeket választani, azonban 50 bázis felett nem mérhető fel a teljes szekvenciatér. Azonban mivel gyakran sok lehetséges jelölt van egy katalízisre, 50 vagy több bázisból álló véletlenszerű részek is adtak dezoxiribozimeket.[24]

Először a katalitikus szálakat a nem katalitikusaktól szétválasztó szelekció történik. Például ribonukleotid-bontás esetén gyakran affinitáskromatográfia használatos, ahol jelölőfehérje távozik a katalitikus szálakról egy ribonukleotid bontásával. Ez lehetővé teszi a katalitikus szálak oszloppal való elválasztását: a nem aktív szálak az oszlophoz kötődnek, az aktívak áthaladnak. Gyakran biotin használatos sztreptavidinoszloppal.[23][24] Gélelektroforézis-alapú elválasztás használható, ha a szálak tömegváltozása elég nagy a reaktív szálak elhelyezkedésének megváltoztatásához.[24] A szelekció után a reaktív halmaz polimeráz-láncreakcióval történő sokszorosítása regenerálja és sokszorosítja a reaktív szálakat, e folyamat elegendően reakciókész halmaz eléréséig ismétlődhet. Több alkalom kell, mivel néhány nem katalitikus szál elkerülhetetlenül átmehet minden szelekciós lépés után. Általában 4-10 kör szükséges az egyértelmű katalitikus aktivitáshoz,[8] de szigorúbb feltételek esetén gyakran több kell. Elég kör után a végső halmaz szekvenálása és az egyes szálak katalitikus aktivitásának tesztje történik.[24] A halmaz dinamikája matematikailag modellezhető,[25] ami megmutatja az oligonukleotidok kompetitív kapcsolódását a célokhoz és az evolúciós kimenet javításának lehetőségét finomhangolással.

Az így nyert dezoxiribozimek kiválasztása a feltételeknek, például sókoncentrációnak, pH-nak és kofaktoroknak megfelelően történik. Emiatt a csak adott körülmények melletti katalitikus aktivitáshoz pozitív, a nem kívánt feltételek ellen negatív szelekció történhet.

in vitro evolúció

[szerkesztés]

Más hasonló módszer új dezoxiribozimek nyerésére az in vitro evolúció. Bár ez gyakran az in vitro szelekció szinonimájaként szerepel, az in vitro evolúció kissé eltérő folyamat, ahol a kezdeti oligonukleotid-halmaz genetikailag megváltozik rekombináció vagy pontmutációk révén.[23][24] A pontmutációkhoz hibaképes PCR-rel növelhető a halmaz nagy mennyiségű eltérő egy helyen való mutáció létrehozására. Az in vitro szelekcióhoz hasonlóan a nagyobb aktivitású szálak több lépés után dominálnak, és elegendő aktivitás után a legaktívabb szálak azonosíthatók szekvenálással.

A kezdeti halmaz a szekvenciatér egy részhalmazából származhat, például egy in vitro szelekciós kísérlet adott szakaszából, melyet neveznek in vitro reszelekciónak is.[24] Az eredeti halmaz egy oligonukleotid sokszorosításából is származhat. Erre példa egy 2015-ös tanulmány, mely szerint egy nem katalitikus oligonukleotid in vitro evolúciójával is létrehozható működő dezoxiribozim. Marhaszérum-albumin mRNS-átiratából levezetett DNS véletlenszerűen választott részét véletlenszerű pontmutációkkal fejlesztették 25 szelekciós körön át. Mélyszekvenálással a leghatásosabb DNSzim fejlődése végigkövethető mutációnként.[26] Ez az első sikeres katalitikus DNS-evolúció nem katalitikus prekurzorból, és az RNS-világ-hipotézis alapja is lehet. Egy 2006-os tanulmányban egy RNS-ligáz ribozimet alakítottak dezoxiribozimmé az inaktív dezoxiribóz-analóg in vitro evolúciójával. Ebben 12 pontmutáció, ebből két, az aktivitásra nem ható volt, specificitási állandója körülbelül az eredeti ribozimének 10%-a volt, de feltehetően ez tovább növelhető további szelekcióval.[27] Ez az első bizonyíték a nukleinsavközi funkciótranszferre, és bizonyos RNS-világ előtti hipotéziseket is támogathat.

„Valódi” katalízis?

[szerkesztés]

Mivel a legtöbb dezoxiribozimre termékinhibíció jellemző, így egyszerre egy reakciót katalizál, gyakran a dezoxiribozimeket nem tekintik „valódi” katalizátoroknak, mivel nem képesek több reakció katalízisére a legtöbb enzimhez hasonlóan. Azonban a katalizátor általános definíció szerint növeli a reakciósebességet megváltozás nélkül. Így definíció szerint az egyszeres katalízisű DNSzimek katalizátorok.[6] Ezenkívül számos endogén enzim (fehérjék és ribozimek is) egyszerre egy reakciót katalizál,[6] így a dezoxiribozimek kivétele a katalizátorok közül több reakció katalizálására való képtelenségük miatt nem megfelelő.

Alkalmazások

[szerkesztés]

Bár a ribozimeket a DNSzimek előtt fedezték fel, utóbbiaknak jelentős előnyeik vannak: a DNS költséghatékonyabb, és hosszabb szekvenciákkal és nagyobb tisztaságban állítható elő szilárd fázisú szintézissel.[28] Számos tanulmányban szerepel az influenza A és B replikációját gátló DNSzimek használata a gazdasejtekben.[29][30][31][32][33][34] Képesek egyes DNSzimek gátolni a SARS-CoV,[34] az RSV,[34] a humán rinovírus 14[35] és a HCV szaporodását is.[36]

Klinikai kísérletek

[szerkesztés]

Az asztma eozinofilindukált gyulladás, melyet egy 2-es típusú segítő T-sejt okoz. Ezen út GATA3 transzkripciós faktorát célozva megakadályozható a gyulladás. Az SB010 biztonságosságát és hatékonyságát elemezve kiderült, hogy a GATA3 mRNS-t lebontani és inaktiválni tudja a IIa klinikai fázisban. Az SB010 a korai és a késői asztmás válaszokat is el tudja tolni allergiás asztmával rendelkező férfi betegekben.[37] A GATA3 az SB012 fontos célpontja is fekélyes vastagbélgyulladás megelőzésére. Ez idiopátiás gyulladásos bélbetegség, időszakosan visszatérő emésztőrendszeri gyulladással. A jelenleg elérhető kezelésekre nem reagáló betegeknél súlyos visszaesés jelentkezhet, és az új alternatívák előnyösek lehetnek számukra, melyek közül az SB012 az I. klinikai fázisban van.[38] Az atópiás dermatitisz (AD) krónikus gyulladásos bőrbetegség, mely ekcémát okoz, gyakran súlyos pruritusszal együtt az érintett bőrön, komplikációkkal és másodlagos betegségekkel is. Ennek oka is a Th2-módosított immunválasz erősítése, így a GATA-3-at célzó DNSzimek lehetséges kezelések. A topikus SB011 DNSzim II. fázisú klinikai kísérletek alatt áll.[39] A DNSzimeket kutatják rákterápiára való használhatóságra. Egy IGF-I-expressziót (I. inzulinszerű növekedési faktor, a normál sejtnövekedés és a tumorgenezis közreműködő fehérjéje) akadályozó 10–23-szerű DNSzim használható az IGF-I-szekréció megakadályozására, blokkolva a prosztatatumor-fejlődést. Ezenkívül e kezeléssel megakadályozható lehet a májáttét-kialakulás a máj-IGF-I, a szérum-IGF-I fő forrásának gátlásával.[15]

Szenzorok

[szerkesztés]

DNSzimek használhatók fémbioszenzorokhoz.[40][41] DNSzimalapú ólombioszenzort használtak a minnesotai Szent Pál Iskolák vizében lévő ólom kimutatására.[42] Ezenkívül a DNSzimek aptamerekkel és nukleinsav bioreceptorokkal együtt használhatók multiplex bioassayhez.[43]

Aszimmetrikus szintézis

[szerkesztés]

A kiralitást is felhasználhatják DNSzimek. A DNS jobbkezes kettős hélix, és az aszimmetrikus szintézisben a királis katalizátor fontos akirális forrásból származó királis molekulák szintézisére. Például mesterséges katalitikus DNS jöhet létre réz elválasztón keresztül való kapcsolásával.[44] Ez egy Diels–Alder-reakciót katalizált vízben a ciklopentadién és egy azakalkon közt. Az endo- és exo-termékek 50%-os enantiomerfeleslegben voltak jelen. Később kiderült, hogy 99%-os enantiomerfelesleg is létrehozható, és hogy a sebesség és az enantioszelektivitás is a DNS-szekvenciához kapcsolódik.

Biokonjugáció hGQ DNSzimmel

[szerkesztés]

A hemin/G-kvadruplex DNSzim heminhez (Fe3+-protoporfirin IX-hez) kötődő G-kvadruplex-alkotó DNS-ből áll, mely hidrogén-peroxid jelenlétében végez oxidációs reakciókat[45] Ez képes kis molekulák, például dopamin és adenozin-trifoszfát oxidálására,[46] de használható peptidek[47] és fehérjék módosítására[48][49] kis molekulák hozzáadásával.

Más lehetőségek

[szerkesztés]

A DNS használatos DNS templátú szintézisben, enantioszelektív katalízisben,[50] DNS-nanovezetékekben és DNS-számítástechnikában is.[51]

Jegyzetek

[szerkesztés]
  1. ↑ a b c R. R. Breaker (1997. május 1.). „DNA enzymes”. Nature Biotechnology 15 (5), 427–431. o. DOI:10.1038/nbt0597-427. PMID 9131619. 
  2. ↑ K. Kruger, P. J. Grabowski, A. J. Zaug, J. Sands, D. E. Gottschling, T. R. Cech (1982. november 1.). „Self-splicing RNA: autoexcision and autocyclization of the ribosomal RNA intervening sequence of Tetrahymena”. Cell 31 (1), 147–157. o. DOI:10.1016/0092-8674(82)90414-7. PMID 6297745. 
  3. ↑ (1983. december 1.) „The RNA moiety of ribonuclease P is the catalytic subunit of the enzyme”. Cell 35 (3 Pt 2), 849–857. o. DOI:10.1016/0092-8674(83)90117-4. PMID 6197186. 
  4. ↑ (2020. április 1.) „DNAzymes as Catalysts for l-Tyrosine and Amyloid β Oxidation”. ACS Omega 5 (13), 7059–7064. o. DOI:10.1021/acsomega.9b02645. PMID 32280846. PMC 7143405. 
  5. ↑ R. R. Breaker, G. F. Joyce (2014. szeptember 1.). „The expanding view of RNA and DNA function”. Chemistry & Biology 21 (9), 1059–1065. o. DOI:10.1016/j.chembiol.2014.07.008. PMID 25237854. PMC 4171699. 
  6. ↑ a b c d e f S. K. Silverman (2004. október 1.). „Deoxyribozymes: DNA catalysts for bioorganic chemistry”. Organic & Biomolecular Chemistry 2 (19), 2701–2706. o. DOI:10.1039/B411910J. PMID 15455136. 
  7. ↑ A. Ponce-Salvatierra, P. Boccaletto, J. M. Bujnicki (2021. január 1.). „DNAmoreDB, a database of DNAzymes”. Nucleic Acids Research 49 (D1), D76-D81. o. DOI:10.1093/nar/gkaa867. PMID 33053178. PMC 7778931. 
  8. ↑ a b c S. K. Silverman (2005). „In vitro selection, characterization, and application of deoxyribozymes that cleave RNA”. Nucleic Acids Research 33 (19), 6151–6163. o. DOI:10.1093/nar/gki930. PMID 16286368. PMC 1283523. 
  9. ↑ a b R. R. Breaker, G. F. Joyce (1994. november 28.). „A DNA enzyme that cleaves RNA”. Chemistry & Biology 1 (4), 223–229. o. DOI:10.1016/1074-5521(94)90014-0. PMID 9383394. 
  10. ↑ T. Lan, K. Furuya, Y. Lu (2010. június 14.). „A highly selective lead sensor based on a classic lead DNAzyme”. Chemical Communications 46 (22), 3896–3898. o. DOI:10.1039/B926910J. PMID 20407665. PMC 3071848. 
  11. ↑ R. R. Breaker, G. F. Joyce (1995. szeptember 27.). „A DNA enzyme with Mg(2+)-dependent RNA phosphoesterase activity”. Chemistry & Biology 2 (10), 655–660. o. DOI:10.1016/1074-5521(95)90028-4. PMID 9383471. 
  12. ↑ D. Faulhammer, M. Famulok (1996. december 1.). „The Ca2+ Ion as a Cofactor for a Novel RNA-Cleaving Deoxyribozyme”. Angewandte Chemie International Edition in English 35 (23–24), 2837–2841. o. DOI:10.1002/anie.199628371. ISSN 1521-3773. 
  13. ↑ S. W. Santoro, G. F. Joyce (1997. április 1.). „A general purpose RNA-cleaving DNA enzyme”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 94 (9), 4262–4266. o. DOI:10.1073/pnas.94.9.4262. PMID 9113977. PMC 20710. 
  14. ↑ R. P. Cruz, J. B. Withers, Y. Li (2004. január 1.). „Dinucleotide junction cleavage versatility of 8-17 deoxyribozyme”. Chemistry & Biology 11 (1), 57–67. o. DOI:10.1016/j.chembiol.2003.12.012. PMID 15112995. 
  15. ↑ a b Fokina AA, Meschaninova MI, Durfort T, Venyaminova AG, François JC (2012. március 1.). „Targeting insulin-like growth factor I with 10-23 DNAzymes: 2'-O-methyl modifications in the catalytic core enhance mRNA cleavage”. Biochemistry 51 (11), 2181–2191. o. DOI:10.1021/bi201532q. PMID 22352843. 
  16. ↑ J. Li, Y. Lu (2000. október 1.). „A Highly Sensitive and Selective Catalytic DNA Biosensor for Lead Ions”. Journal of the American Chemical Society 122 (42), 10466–10467. o. DOI:10.1021/ja0021316. ISSN 0002-7863. 
  17. ↑ P. Wu, K. Hwang, T. Lan, Y. Lu (2013. április 1.). „A DNAzyme-gold nanoparticle probe for uranyl ion in living cells”. Journal of the American Chemical Society 135 (14), 5254–5257. o. DOI:10.1021/ja400150v. PMID 23531046. PMC 3644223. 
  18. ↑ S. F. Torabi, P. Wu, C. E. McGhee, L. Chen, K. Hwang, N. Zheng, J. Cheng, Y. Lu (2015. május 1.). „In vitro selection of a sodium-specific DNAzyme and its application in intracellular sensing”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 112 (19), 5903–5908. o. DOI:10.1073/pnas.1420361112. PMID 25918425. PMC 4434688. 
  19. ↑ A. Ponce-Salvatierra, K. Wawrzyniak-Turek, U. Steuerwald, C. Höbartner, V. Pena (2016. január 1.). „Crystal structure of a DNA catalyst”. Nature 529 (7585), 231–234. o. DOI:10.1038/nature16471. PMID 26735012. 
  20. ↑ S. Borman: After Two Decades Of Trying, Scientists Report First Crystal Structure Of A DNAzyme. Chemical & Engineering News, 2016. január 11. (Hozzáférés: 2017. február 4.)
  21. ↑ K. Ven, S. Safdar, A. Dillen, J. Lammertyn, D. Spasic (2019. január 1.). „Re-engineering 10-23 core DNA- and MNAzymes for applications at standard room temperature”. Analytical and Bioanalytical Chemistry 411 (1), 205–215. o. DOI:10.1007/s00216-018-1429-4. PMID 30341659. 
  22. ↑ a b D. J. Chinnapen, D. Sen (2004. január 1.). „A deoxyribozyme that harnesses light to repair thymine dimers in DNA”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 101 (1), 65–69. o. DOI:10.1073/pnas.0305943101. PMID 14691255. PMC 314139. 
  23. ↑ a b c G. F. Joyce (2004). „Directed evolution of nucleic acid enzymes”. Annual Review of Biochemistry 73 (1), 791–836. o. DOI:10.1146/annurev.biochem.73.011303.073717. PMID 15189159. 
  24. ↑ a b c d e f g S. K. Silverman (2008. augusztus 1.). „Catalytic DNA (deoxyribozymes) for synthetic applications-current abilities and future prospects”. Chemical Communications (30), 3467–3485. o. DOI:10.1039/B807292M. PMID 18654692. 
  25. ↑ F. Spill, Z. B. Weinstein, A. Irani Shemirani, N. Ho, D. Desai, M. H. Zaman (2016. október 1.). „Controlling uncertainty in aptamer selection”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 113 (43), 12076–12081. o. DOI:10.1073/pnas.1605086113. PMID 27790993. PMC 5087011. 
  26. ↑ R. Gysbers, K. Tram, J. Gu, Y. Li (2015. június 1.). „Evolution of an Enzyme from a Noncatalytic Nucleic Acid Sequence”. Scientific Reports 5, 11405. o. DOI:10.1038/srep11405. PMID 26091540. PMC 4473686. 
  27. ↑ N. Paul, G. Springsteen, G. F. Joyce (2006. március 1.). „Conversion of a ribozyme to a deoxyribozyme through in vitro evolution”. Chemistry & Biology 13 (3), 329–338. o. DOI:10.1016/j.chembiol.2006.01.007. PMID 16638538. 
  28. ↑ B. Kumar, K. Asha, S. P. Chauhan: DNAzyme Mediated Post-transcriptional Gene Silencing: A Novel Therapeutic Approach, 2013. október 7.
  29. ↑ (2012. május 1.) „Nucleic acid-mediated cleavage of M1 gene of influenza A virus is significantly augmented by antisense molecules targeted to hybridize close to the cleavage site”. Molecular Biotechnology 51 (1), 27–36. o. DOI:10.1007/s12033-011-9437-z. PMID 21744034. 
  30. ↑ (2015. szeptember 1.) „Potent Intracellular Knock-Down of Influenza A Virus M2 Gene Transcript by DNAzymes Considerably Reduces Viral Replication in Host Cells”. Molecular Biotechnology 57 (9), 836–845. o. DOI:10.1007/s12033-015-9876-z. PMID 26021603. 
  31. ↑ (2013. október 1.) „Sequence-specific cleavage of BM2 gene transcript of influenza B virus by 10-23 catalytic motif containing DNA enzymes significantly inhibits viral RNA translation and replication”. Nucleic Acid Therapeutics 23 (5), 355–362. o. DOI:10.1089/nat.2013.0432. PMID 23971908. 
  32. ↑ (2017. február 1.) „DNAzymes Dz13 target the c-jun possess antiviral activity against influenza A viruses”. Microbial Pathogenesis 103, 155–161. o. DOI:10.1016/j.micpath.2016.12.024. PMID 28039102. 
  33. ↑ (2018. április 1.) „The emerging influenza virus threat: status and new prospects for its therapy and control”. Archives of Virology 163 (4), 831–844. o. DOI:10.1007/s00705-018-3708-y. PMID 29322273. PMC 7087104. 
  34. ↑ a b c (2018. december 1.) „Advancements in Nucleic Acid Based Therapeutics against Respiratory Viral Infections”. Journal of Clinical Medicine 8 (1), 6. o. DOI:10.3390/jcm8010006. PMID 30577479. PMC 6351902. 
  35. ↑ (2003. október 1.) „RNA cleaving '10-23' DNAzymes with enhanced stability and activity”. Nucleic Acids Research 31 (20), 5982–5992. o. DOI:10.1093/nar/gkg791. PMID 14530446. PMC 219472. 
  36. ↑ (2008. július 1.) „Sequence-specific cleavage of hepatitis C virus RNA by DNAzymes: inhibition of viral RNA translation and replication”. The Journal of General Virology 89 (Pt 7), 1579–1586. o. DOI:10.1099/vir.0.83650-0. PMID 18559927. 
  37. ↑ (2015. május 1.) „Allergen-induced asthmatic responses modified by a GATA3-specific DNAzyme”. The New England Journal of Medicine 372 (21), 1987–1995. o. DOI:10.1056/nejmoa1411776. PMID 25981191. 
  38. ↑ Efficacy, Pharmacokinetics, Tolerability, Safety of SB012 Intrarectally Applied in Active Ulcerative Colitis Patients (SECURE). ClinicalTrials.gov . (Hozzáférés: 2016. május 27.)
  39. ↑ Efficacy, Safety, Tolerability, Pharmacokinetics and Pharmacodynamics Study of the Topical Formulation SB011 Applied to Lesional Skin in Patients With Atopic Eczema. ClinicalTrail.gov . (Hozzáférés: 2016. május 27.)
  40. ↑ J. Liu, Y. Lu (2004). „Optimization of a Pb2+-Directed Gold Nanoparticle/DNAzyme Assembly and Its Application as a Colorimetric Biosensor for Pb2+”. Chem. Mater. 16 (17), 3231–38. o. DOI:10.1021/cm049453j. 
  41. ↑ H. Wei, B. Li, J. Li, S. Dong, E. Wang (2008. március 1.). „DNAzyme-based colorimetric sensing of lead (Pb(2+)) using unmodified gold nanoparticle probes”. Nanotechnology 19 (9), 095501. o. DOI:10.1088/0957-4484/19/9/095501. PMID 21817668. 
  42. ↑ „Lead in Water: St. Paul Schools Delayed Fixes”, ABC 6 NEWS . [2021. december 8-i dátummal az eredetiből archiválva] (Hozzáférés: 2023. október 4.) 
  43. ↑ A. Montserrat Pagès, S. Safdar, K. Ven, J. Lammertyn, D. Spasic (2021. augusztus 1.). „DNA-only bioassay for simultaneous detection of proteins and nucleic acids”. Analytical and Bioanalytical Chemistry 413 (20), 4925–4937. o. DOI:10.1007/s00216-021-03458-6. PMID 34184101. PMC 8238030. 
  44. ↑ G. Roelfes, B. L. Feringa (2005. május 1.). „DNA-based asymmetric catalysis”. Angewandte Chemie 44 (21), 3230–3232. o. DOI:10.1002/anie.200500298. PMID 15844122. 
  45. ↑ P. Travascio, Y. Li, D. Sen (1998. szeptember 1.). „DNA-enhanced peroxidase activity of a DNA-aptamer-hemin complex”. Chemistry & Biology 5 (9), 505–517. o. DOI:10.1016/s1074-5521(98)90006-0. PMID 9751647. 
  46. ↑ (2016. január 1.) „Nucleoapzymes: Hemin/G-Quadruplex DNAzyme-Aptamer Binding Site Conjugates with Superior Enzyme-like Catalytic Functions”. Journal of the American Chemical Society 138 (1), 164–172. o. DOI:10.1021/jacs.5b09457. PMID 26652164. 
  47. ↑ S. Wintermans, J. F. Keijzer, M. Dros, H. Zullhof, B. Albada (2021. szeptember 8.). „Aptamer‐Assisted Bioconjugation of Tyrosine Derivatives with hemin/G‐quadruplex (hGQ) DNAzyme Nucleoapzyme Nanostructures”. ChemCatChem 13 (21), 4618–4624. o. DOI:10.1002/cctc.202101070. ISSN 1867-3880. 
  48. ↑ J. F. Keijzer, B. Albada (2020. október 1.). „Site-Specific and Trigger-Activated Modification of Proteins by Means of Catalytic Hemin/G-quadruplex DNAzyme Nanostructures”. Bioconjugate Chemistry 31 (10), 2283–2287. o. DOI:10.1021/acs.bioconjchem.0c00422. PMID 32909740. PMC 7581286. 
  49. ↑ (2019) „DNAzyme Catalyzed Tyramide Depositing Reaction for In Situ Imaging of Protein Status on the Cell Surface”. Theranostics 9 (7), 1993–2002. o. DOI:10.7150/thno.31943. PMID 31037152. PMC 6485291. 
  50. ↑ A. García-Fernández, G. Roelfes.szerk.: A. Sigel, H. Sigel, R. K. Sigel: Chapter 9. Enantioselective catalysis at the DNA Scaffold, Interplay between Metal Ions and Nucleic Acids, Metal Ions in Life Sciences. Springer, 249–268. o.. DOI: 10.1007/978-94-007-2172-2_9 (2012). ISBN 978-94-007-2171-5 
  51. ↑ Y. Ito, E. Fukusaki (2004). „DNA as a 'Nanomaterial'”. Journal of Molecular Catalysis B: Enzymatic 28 (4–6), 155–166. o. DOI:10.1016/j.molcatb.2004.01.016. 

Kapcsolódó szócikkek

[szerkesztés]

További információk

[szerkesztés]
A lap eredeti címe: „https://hu.wikipedia.org/w/index.php?title=Dezoxiribozim&oldid=27020915”