1985–1990 között a Magyar Képzőművészeti Főiskola hallgatója volt, ahol Sváby Lajos oktatta. 1990-től a Fiatal Képzőművészek Stúdiója Magyar Képzőművészeti Alap (MAOE) tagja. 1996 óta a Magyar Festők Társaságának tagja. 1997-ben lett tagja a Magyar Grafikusművészek Szövetségének.
Nagyméretű vásznaira olyan vastagon hordja fel az (olykor plextollal dúsított) olajfestéket, hogy figurái taktilis, térbeli benyomást keltenek. Ezeken a kézzel gyúrt festményreliefeken gyakran használ sötét vagy földszíneket, és főként mitológiai témákat dolgoz fel. Tanulmányai idején hatott rá Anselm Kiefer, George Baselitz és Francis Bacon; plasztikus festésmódja a korai Frank Auerbachot idézi, ám ebben a technikai újításban sokkal messzebbre ment el. Különböző kultúrköröket feldolgozó sorozatokban gondolkodik (1979: Aragon; 1982: Jefferson; 1987: Arch; 1990: Tot; 1993: Grál; 1995: Csend; 1997: Kispróféták). 1992 óta vegyes technikájú (enyvezett, ragasztott) grafikákat, rajzokat, illusztrációkat (» Enigma), installációkat is készít, utóbbiakat másokkal közösen. Anatómiai ismereteit és kiváló rajzkészségét kihasználva deformálja emberi figuráit, képein – egyedülálló módon – kriptikus jeleket helyez el, melyek csak bizonyos szögből láthatóak.
Baksai; bev. Markója Csilla; Studio 1900 Galéria, Bp.,[1998
Baksai; szöveg Szeifert Judit; T-Art Alapítvány, Bp., 2014 (Kugler könyvek)
A csönd ideje. Baksai József festőművész kiállítása. Kaposvár, Vaszary Képtár, 2015. augusztus 13-tól október 17-ig; szerk. Géger Melinda; Együd Árpád Kulturális Központ, Kaposvár, 2015