A 2005–2006-os EHF-bajnokok ligája volt a sorozat negyvenhatodik kiírása , a tizenharmadik a jelenlegi formájában. A győztes a spanyol Ciudad Real lett, legyőzve a szintén spanyol Portland San Antonio csapatát. A gólkirály a veszprémi Kiril Lazarov lett.
Két magyar csapat is indult a kupasorozatban, az MKB Veszprém KC magyar bajnokként, a Pick Szeged pedig magyar bajnoki ezüstérmesként vehetett részt a küzdelmekben. A Veszprém a Ciudad Real elleni nagy arányú vereségnek köszönhetően második lett a csoportkörben. A nyolcaddöntőben az Aarhus GF-t verte meg és ezzel jutott tovább a negyeddöntőbe, ahol csakugyan megverte a 2004-es BL győztes Montpellier HB-t, az elődöntő következett ahol azonban kikapott a Portland San Antonio csapatától. A Szeged akárcsak a Veszprém második helyen jutott tovább a csoportkörből, a nyolcaddöntőben azonban nem bírt a későbbi BL győztes csapattal a BM Ciudad Reallal.
A csoportokból az első kettő helyezett továbbjutott, a harmadikak a Kupagyőztesek Európa Kupájában folytatták, míg a negyedik helyezettek búcsúztak az európai kupaküzdelmekből erre a szezonra.