A verseny azonban a botrányokról híresült el. Számos versenyzőt rajtakaptak, hogy a szakaszokon vonattal vagy autóval viteti magát. A Francia Kerékpáros Szövetség azután számos panaszt s beadványt megvizsgálva, szemtanúk meghallgatása után 1904 decemberében azt a határozatot hozta, hogy több más versenyző mellett az eredetileg a verseny első négy helyén végzett versenyzőket (Maurice Garin, Lucien Pothier, César Garin, és Hippolyte Aucouturier) és a szakaszgyőzteseket is kizárja. A diszkvalifikációk után az eredetileg ötödik helyen végzett, mindössze húsz esztendős Henri Cornet lett a győztes, minden idők legfiatalabb Tour-győzteseként.